Universitas Mulawarman lahir dengan nama Perguruan Tinggi Mulawarman (Kalimantan Timur) dengan Fakultas Ketatanegaraan dan Ketataniagaan. Kemudian diusulkan tambahan Fakultas Pertambangan, Kehutanan, Pertanian, Ketatanegaraan, Ketataniagaan. Usulan itu diterima dan diterbitkan Keputusan Menteri tanggal 28 September 1962 No. 130, yang kemudian diperkuat oleh Keputusan Presiden No. 65 tanggal 23 April 1963. Selama periode tahun 1962-1967, Fakultas yang operasional adalah Fakultas Ketetanegaraan dan Ketataniagaan (kemudian menjadi Fakultas Sosial Politik dan Ekonomi ), Fakultas Kehutanan dan Fakultas Pertanian.

Berdasarkan Keputusan Presiden RI No. 66 Tahun 1982 tanggal 7 September 1982, Universitas Mulawarman bertambah menjadi lima fakultas yaitu Fakultas Ekonomi, Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Fakultas kehutanan dan Fakultas Pertanian. Pada tanggal 27 Desember 2000 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pedidikan Nasional No. 237/0/2000 di buka Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan (FPIK).

Pada tahun 2001, FMIPA (FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM) Universitas Mulawarman didirikan sebagai upaya untuk mempersiapkan generasi muda untuk menguasai dan mengembangkan IPTEK bagi kepentingan pengelolaan sumber daya alam dan lingkungan bagi kesejahteraan masyarakat. Dengan dibukanya FMIPA diharapkan peranan Universitas Mulawarman akan menjadi lebih penting untuk menyiapkan manusia yang bermutu tinggi, sadar akan IPTEK sehingga sanggup memelihara kelangsungan pemanfaatan sumber daya alam yang ada dan mampu mengurangi ketergantungan impor IPTEK dari negara maju.

Upaya ini telah mendapat persetujuan dari Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi No. 2811/D/T/2001 tanggal 30 Agustus 2001 untuk Program Studi Biologi, Program Studi Ilmu Kimia, Program Studi Fisika, Program Studi Ilmu Statistika dan No. 386/D/T/2004 tanggal 21 September 2004 untuk Program Studi Ilmu Komputer. Pada tahun 2006, dengan SK No. 109/OT/2006 tanggal 3 Mei 2006, secara resmi ditetapkan menjadi suatu fakultas definitif di lingkungan Universitas Mulawarman.

Berdasarkan atas Visi Universitas Mulawarman yakni sebagai pusat pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi yang bertumpu pada hutan tropika basah dan kenyataan letaknya berada di Pusat Pengembangan Industri Kehutanan, MIGAS, Pertambangan, Perkebunan dan Lingkungan Perairannya, maka kekhususan FMIPA Unmul adalah :

1.  Kimia (Kimia Fisik, Kimia Organik, Kimia Anorganik, Kimia Analitik dan Biokimia).
2.  Fisika (Teori dan Material, Elektronika dan Instrumentasi, Komputasi dan Permodelan, Fisika Medis dan Oceanografi ).
3.  Biologi (Biologi Lingkungan, BioAgro, Biomediasi dan Bioindustri).
4.  Matematika
5.  Statistika(Statistika Komputasi).
6.  Geofisika