Kurang lebih 900 pendaftar beasiswa bidikmisi Universitas Mulawatman setiap tahun, menyebabkan proses seleksinya berjalan lamban dan berpotensi tidak konsisten. Ketidakkonsistenan pada sistem penentuan penerima menyebabkan tujuan penyelenggaraan beasiswa menjadi kabur, tidak transparan dan tidak tepat sasaran. Penelitian ini bertujuan untuk membantu bagian proses seleksi dengan membuat aplikasi perangkat lunak sistem pendukung keputusan untuk penentuan penerima beasiswa bidikmisi Universita Mulawarman. Penentuan penerima beasiswa menggunakan beberapa kriteria antara lain: pekerjaan orang tua, penghasilan orang tua, jumlah tanggungan, daya listrik (watt), dan nilai ujian nasional. Kelayakan calon penerima beasiswa bidikmisi ditentukan dengan menerapkan metode  Naïve Bayes.  Metode ini dipilih karena mampu mempelajari data kasus sebelumnya yag digunakan sebagai data uji. Penelitian ini telah menghasilkan sebuah aplikasi sistem pendukung keputusan dengan tingkat akurasi sebesar 85.56%.